Річки Таджикистану повноводні і в основному відносяться до басейну Аральського моря. І тільки деякі впадають у води озера Каракуль або річки Тариму.
Річка Амудар’я
Русло Амудар’ї проходить по території відразу чотирьох країн – Афганістану, Таджикистану, Узбекистану і Туркменії. Загальна протяжність русла – 2400 кілометрів. З них по території країни проходить 1415 кілометрів. Исток Амудар’ї утворений злиттям двох річок – Вахш і Пяндж. Гирло річки – води Аралу (при впадінні утворює велику дельту). Приток біля річки мало. У середньому протягом Амудар’я приймає води Кафірнігана, Сурхандарьи і Шеребада, а також одного лівої притоки – річки Кундуз. І далі, аж до місця впадання, приток більше немає. Води річки активно використовуються, а тому до Аралу Амудар’я не доходить. Саме це і стало однією з причин його пересихання.
У водах Амудар’ї мешкає досить багато різних сортів риби: жерех; лисач; аральский сом; лящ; чехоня; товстолобик; білий амур; остролучка.
Річка Ванч
Одна з річок, русло якої розташоване виключно на території Таджикистану. Є правою притокою річки Пяндж. Загальна протяжність річки – 103 кілометри. Исток утворений злиттям двох річок – одна спускається з льодовиків Ванчского хребта, інша – з хребта Академії наук (західний схил). Русло проходить між Ванчскім і Дарвазського хребтами.
Річка Кашкадарья
Територіально русло річки проходить по землях Таджикистану (Согдійська область) та Узбекистану (Кашкадар’їнська область). Умовно біля річки три назви: у верхній течії – Обіхунда; середнє протягом – Шіначасай; нижнє – Майманакадарья.
Загальна протяжність русла – 378 кілометрів. Витік річки знаходиться на висоті 2960 метрів над рівнем моря і утворений двома безіменними річками. Головні притоки: Акдарья (Аксу); Танхідизадарья; Гузардарья.
Річка Муксу
Загальна протяжність русла – 88 кілометрів. Розташована Муксу на території Джіргатальского району Таджикистану. Істок – місце злиття двох річок: Сельдара і Сауксой (льодовики Федченко і Великий Саукдара).
Річка Кузилсу
Кизилсу, що в перекладі означає «червона ріка», протікає по території Киргизії і Таджикистану. Істок – схили Заалайського хребта. Загальна протяжність русла – 235 кілометрів. При злитті з річкою Муксу дає початок річці Вахш.
Річка Вахш
Загальна протяжність річкового русла – 786 кілометри і всі вони проходять по території Таджикистану. Витік річки знаходиться на схилах Паміру, а от місце її злиття з водами річки Пяндж дає початок великої Амудар’ї. Річка є основним джерелом для зрошення, а також вироблення електроенергії.